Jesús Aguilar es presidente del Consejo General de Colegios Oficiales de Farmacéuticos desde el año 2015, corporación que representa a los más de 76.000 farmacéuticos colegiados en España.

Es Vocal del Comité de Profesiones del Sector Sanitario y Social del Ministerio de Sanidad.

Vicesecretario de Unión Profesional y Vocal del Comité Ejecutivo de la Agrupación Farmacéutica Europea.

Es además académico correspondiente de las academias de Farmacia de la Comunidad Valenciana, de la Academia Iberoamericana de Farmacia y de la Academia de Farmacia Santa María de España de la Región de Murcia.

Ha recibido numerosas distinciones, como el Premio Juan Manuel Reol Tejada, la medalla de plata de Cofarán, la medalla de la Academia de Farmacia de Castilla y León, la H de Oro del Colegio de Farmacéuticos de Málaga, entre otros.